Exploateringen av området kring Nåttarö krog gjordes utan tillstånd. Efter flera rättsprocesser tvingas nu Skärgårdsstiftelsen ta bort en altan vid krogen, däremot får de omstridda bodarna vara kvar.
För några år sedan deltog Skärgårdsstiftelsen i EU-projektet ”Sustainable gateways” som syftade till att styra besökare med fritidsbåtar till gästhamnar med utlagda bojar för att skydda havsbotten från ankring på andra platser. I samband med projektet exploaterades området kring Nåttarö krog genom att byggnader, bodar och bryggor uppfördes. Många av åtgärderna saknade dock strandskyddsdispens, något Skärgårdsstiftelsen beviljades i efterhand. Däremot godkände länsstyrelsen inte en 30 kvadratmeter stor altan vid servicehuset och inte heller ett antal bodar som ställts upp av arrendatorn av krogen och hamnen. Skärgårdsstiftelsen och arrendatorn överklagade besluten som gått ända upp i mark- och miljööverdomstolen (MÖD). Skärgårdsstiftelsen menar, bland annat, att altanen är nödvändig för att erbjuda de många besökarna till Nåttarö service som toaletter, servering och information och att den bara är en utökning av befintlig altan på ett redan ianspråktaget område. MÖD anser dock att altanen är uppförd i strid med gällande lagstiftning. Skärgårdsstiftelsen måste därför mot vite om 50 000 kronor plocka bort den. Vad gäller ärendet om utställda bodar avsedda som personalbostäder, så anser domstolen att dessa kan tillåtas under vissa förutsättningar och återförvisar ärendet till länsstyrelsen för fortsatt handläggning. Skärgården har sökt både Skärgårdsstiftelsen och arrendatorn för en kommentar.
